Un système IFF ne permet en théorie que de définir qui est ami. Un avion qui ne répond pas n'est pas nécessairement un ennemi: il est possible que sa balise ne fonctionne pas (en panne ou à l'arrêt) ou qu'il s'agisse d'un avion non-militaire.

Le premier système était purement passif. L'avion disposait d'un dipole accordé sur la fréquence du radar. Un interrupteur commandé par un moteur cours-circuitait plusieurs fois par seconde le dipole, le mettant hors fonction. Quand l'avion était touché par le signal du radar, le dipôle amplifiait le signal du radar, ce qui produisait un blip déformé et variable sur l'écran de l'opérateur. Ce système était peu performant: la portée était limitée, le signal en retour dépendait trop de l'angle de l'avion et le blip n'était pas bien défini.

Aussi bien les anglais que les allemands ont utilisé un système actif. Les allemands en sont toujours resté au premier système, ils n'avaient pas les moyens d'en développer un plus performant. Il fallait en effet que le système puisse fonctionner en synchronisme avec le radar.

Un système IFF doit être sélectif, pour éviter que tous les avions amis ne réagissent, ce qui produirait un brouillage. Pour activer la balise allemande, il fallait une fréquence de répétition des impulsions du radar de 5000Hz (la fréquence est normalement de 3750Hz). La balise répondait alors automatiquement pas un code morse visible à l'écran de l'opérateur.

Pour éviter que ce matériel ne tombe aux mains de l'ennemi, la balise était équipée d'une charge explosive pour détruire l'appareil. Malgré cela, les alliés ont rapidement exploité ce système rudimentaire. En effet, la balise répondait à toutes les demandes sur la fréquence de 125MHz pour autant que le signal était pulsé à une fréquence de 5000Hz. Bon nombre d'avions alliés étaient équipés d'un émetteur "Perfectos" qui émettait le signal d'interrogation du FuG25a, qui automatiquement répondait et indiquait aux alliés qu'il était un avion allemand.

Le système allemand n'utilisait pas de code d'interrogation (pour n'activer la balise que si le code correct était reçu), mais répondait par un signal codé (ce qui n'était pas vraiment nécessaire). On se demande pourquoi les allemands n'ont pas perfectionné ce système, mais il est vrai que les allemands avaient d'autres problèmes, avec toutes leurs villes industrielles qui étaient régulièrement bombardées. Les allemands n'avaient tout simplement plus les moyens d'améliorer tous leurs systèmes, et le système IFF avait une priorité trop basse.

Finalement, les allemands ne pouvaient utiliser que leur système sur le sol européen pour éviter d'être abattus par la Flak allemande, mais le champ de bataille se déplaçant vers le sol européen, les avions allemands avaient un problème: ne pas utiliser la balise et risquer d'être abattus par la défence allemande ou enclencher la balise et risquer d'être détectés par les avions de chasse alliés. Le plan B allemand était que les avions allemands ne volent qu'à des altitudes prédéfinies pour ne pas être abattus.

La seconde version (Mark II) pouvait recevoir automatiquement plusieurs bandes radar et permettait également d'envoyer 6 codes en réponse, mais cette possibilité n'était pas souvent utilisée en pratique, les écrans d'oscilloscope ne montrant pas une image assez détaillée pour discerner le code. Les avions utilisaient uniquement le code A et un code de détresse.

La première image d'oscilloscope (extraite d'un cours de l'armée anglaise) montre le second blip proche du blip de l'avion.

La troisième version n'utilise plus le signal du radar, mais travaille à une fréquence fixe, indépendante de la fréquence utilisée par le radar. Cela permet au deux systèmes (radar et IFF) de se développer individuellement.

Le signal d'interrogation (envoyé par la base fixe) doit être envoyé entre deux impulsions du radar. La balise répondait automatiquement à une demande dans la bande de 158 à 188MHz, ce qui permettait d'utiliser des fréquences d'interrogation différentes pour chaque radar. De plus, le signal d'interrogation n'était envoyé qu'un très court instant pour identifier l'avion. Un inconvénient du système était que la réponse se faisait à la même fréquence que l'interrogation, ce qui encombrait la fréquence si plusieurs avions répondaient tous en même temps.

Seconde image d'oscilloscope:
Comme la version III utilise une fréquence indépendante du radar principal, il est possible de montrer une seconde trace sur l'oscilloscope, ne reprenant que le signal IFF reçu par un second récepeur. La balise balaie continuellement la bande de fréquences, et répond automatiquement à une demande. La balise ne se bloque pas sur une fréquence, mais balaie continuellement la bande en trois secondes, qu'un signal soit reçu ou non, ce qui aide à la reconnaissance par l'opérateur au sol: le blip IFF apparait toutes les 3 secondes.

Alors qu'il est possible d'avoir des blips d'avions sans IFF, il est également possible d'observer des blips IFF sans avion correspondant: ce sont les réponses d'autres avions amis qui sont touchés par un autre radar (autre fréquence), mais la réponse IFF se faisant toujours à la même fréquence fixe.

Ici aussi, la balise était équipée d'une petite charge explosive pour éviter qu'un système ne tombe entre les mains des allemands. Le boitier était suffisamment solide pour tenir le coup, mais tous les composants dans l'enceinte étaient détruits.

Troisième image d'oscilloscope:
Les premiers écrans de radar PPI (Plan Position Indicator) font leur apparition. Le cours reprend l'indication sur un écran radar normal (pour l'époque) et l'indication sur un radar PPI.

On voit successivement un code "court" (qui sur l'échelle du radar correspond à une distance de 1 mile), un code "long" (2 miles) et un code de détresse (7 miles). C'est ici que le clignotement du signal IFF vient à point pour faire la différence entre le signal IFF et un avion volant à proximité du premier avion.

Malgré ses petits défauts, le système IFF Mark III restera d'application pendant toute la seconde guerre mondiale.

Contrairement aux radars primaires dont la fréquence de fonctionnement peut être choisie assez libremeent dans une large bande de fréquences, les radars secondaires travaillent tous sur des fréquences standardisées pour permettre une identification sûre et inéquivoque.